全國股份轉讓系統(新三板)與證券交易所的共同點是同為全國性股權交易市場，但也存在明顯區別，主要區別在于如下：
1.平臺類型不同
全國股份轉讓系統(新三板)是非上市股份有限公司股權轉讓平臺;證券交易所是上市股份有限公司股權交易平臺。
2.服務對象不同
《國務院關于全國中小企業股份轉讓系統有關問題的決定》(以下簡稱《國務院決定》)明確了全國股份轉讓系統(新三板)的定位主要是為創新型、創業型和成長型中、小、微企業發展服務。這類企業普遍規模較小，尚未形成穩定的盈利模式。在準人條件上，不設財務門檻，申請掛牌的公司可以尚未盈利，只要股權結構清晰、經營合法規范、公司治理健全、業務明確并履行信息披解義務的股份公司，均可以經主辦券商推薦申請在全國股份轉讓系統(新三板)掛牌。
3.投資者群體不同
我國證券交易所的投資者結構以中小投資者為主;而全國股份轉讓系統(新三板)實行了較為嚴格的投資者適當性制度，未來的發展方向將是一個以機構投資者為主的市場，這類投資者普遍具有較強的風險識別與承受能力。
4.全國股份轉讓系統(新三板)
全國股份轉讓系統(新三板)是中小微企業與產業資本的服務媒介，主要是為企業發展、資本投人與退出服務，不以交易為主要目的。
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