免稅可以降低稅率，有利于企業的可持續發展。總的來說，這個看似沒有爭議的論點，放在了具體的增值稅上，卻往往因為打破了增值稅抵扣的車輪，對企業管理和制造業的可持續發展造成不良影響。
與其他增值稅不同，增值稅的相關法律法規為了特定的允許納稅而放棄免稅優惠。為什么要對免稅做具體規定？
文九律師事務所間接稅合伙人梁在接受記者采訪時表示，這是因為免征增值稅不僅可以降低稅率，而且有利于納稅。按照增值稅一般計稅方法，應稅金額為銷項稅額扣除進項稅額后的金額。進項稅是企業購買商品或公共服務時向賣方繳納的稅，銷項稅是企業銷售商品或公共服務時向買方征收的稅。從征收的銷項稅額中扣除已繳納的進項稅額后，超出部分即為企業應向稅務機關繳納的稅額。可以看出，企業雖然向稅務機關繳納了增值稅作為增值稅，但其繳納的增值稅并非自行承擔，而是通過增值稅抵扣輪逐層傳遞，最終轉嫁給客戶，因為客戶仍然轉售商品或公共服務，無法收取下一個程序的銷項稅。合肥注冊公司向零售企業繳納的增值稅是各企業在全輪繳納的增值稅之和。
假設三家企業都是
，分別從事某些商品的制造、批發和零售，須繳納17%的增值稅。他們各自的條件如下:
制造企業進項稅額假設為0，銷售價格為100元(不含增值稅，下同)。制造企業向批發企業銷售商品時，除價格外，還向批發企業收取增值稅17元(=100×17%)，形成合肥注冊公司的銷項稅。使用銷項稅額抵消進項稅額，并計算
17元(=17-0)。
批發企業向制造企業繳納的17元增值稅為進項稅。假設售價為150元，批發企業向零售企業銷售商品時，除價格外，還要向零售企業收取25.5元(=150×17%)的增值稅，從而形成其銷項稅。進項稅額從銷項稅額中扣除，計算出應繳納的8.5元增值稅(=25.5-17)。
零售企業向批發企業繳納的進項稅為25.5元。假設售價為300元，零售企業向客戶銷售商品時，客戶需要支付商品的價格和相應的增值稅，共計351元(=300+300×17%)。零售企業向客戶收取的51元(=300×17%)為其銷項稅額，進項稅額扣除銷項稅額，計算應納增值稅為25.5元(=51-25.5)。
可以看出，以上三家企業向稅務機關繳納增值稅51元(=17+8.5+25.5)，這51元也是零售企業向客戶收取的增值稅。
如果中間環節的批發企業銷售商品免稅，批發企業就不能再發給零售企業
零售企業無法扣除相應的進項稅，導致稅率上升，對其向批發企業購買商品的意愿產生負面影響。批發企業雖然不需要合肥注冊公司向稅務機關繳納8.5元的增值稅，但是自己向制造企業繳納的17元增值稅也很難抵扣，需要轉入生產成本，相當于單獨承擔了這個稅。因此，對批發企業來說，免稅會增加其自身的經營和管理生產成本，并對其在消費市場的銷售產生負面影響。所以對他們來說，選擇稅收就更不利了。
梁認為，免除中間環節增值稅切斷了下游企業之間的增值稅抵扣輪，導致重復征稅。因此，自然會扭曲市場主體的經濟發展行為，從而對自由市場的長期作用產生負面影響。
在勞改營改革的改革步驟中，也有大量這方面的案例。比如一個信息系統企業，主要從事編程、產品開發等公共服務。營改增后，將按照信息系統公共服務繳納增值稅，稅率為6%。由于提供的產品開發公共服務屬于無增值稅項目，企業向主管稅務機關申請免稅。但由于其客戶主要是增值稅納稅人，大多要求合肥注冊公司開具增值稅專用發票。起初公司試圖通過降價的方式與客戶協商，但客戶堅持要增值稅專用發票，公司被迫單獨放棄增值稅免稅。
但并不是說所有的增值稅免稅政策都不能起到優惠的作用。中國社會科學院財經新聞戰略研究所顧問教授江鎮在接受記者采訪時表示，如果在零售項目中實施增值稅免稅，在免除分銷商繳納增值稅的同時，不會造成重復征稅等明顯的負面影響。這是唯一的辦法。雖然分銷商本身需要承擔合肥注冊公司的稅費，但那些零售項目帶來的同等附加值的稅費卻要避免，上游客戶需要承擔的稅費也相應減少。因此，增值稅免稅只適用于最后一個消費者的商品和公共服務，而不適用于雙方的產品和公共服務。
梁還表示，對部分商品同時免除國外項目和出口項目的增值稅似乎是公平的，但會對國內商品造成政策歧視和不公平。這是因為出口商品對整個項目免征增值稅，免征的計稅基礎是整個進口額，而國內商品對部分項目免征增值稅，也就是部分增值額。所以出口商品和國內商品要公平，只能同時征稅或者同時實行零稅率。
“本質上，增值稅免稅對企業和整體經濟的有利和不利影響中，最突出的是企業經營行為的扭曲，具有啟發性，會損害免稅企業或企業未來的競爭力。”江鎮表示，原因是免稅企業不得不將其進項稅轉化為生產成本，這增加了銷售商品或公共服務的生產成本，企業希望避免這一問題。我們必須努力獲得更多的免稅，減少轉移生產成本的進項稅，這將導致企業盡可能地合并下游業務和延長行業，而不是從事公共服務分包或分離主輔服務，不愿意走多元化和可持續發展的道路。其結果必然是降低企業的競爭力和競爭力，最終危及企業和企業的生存和可持續發展。
風險評估調查報告還指出，歐盟銀行業的國際競爭力正在逐漸下降，這與多年來銀行業免征增值稅的政策有關。有國外有識之士建議，中國銀行業等企業的改革一定要借鑒歐盟的經驗教訓，盡量避免對雙方主要經營管理產品和公共服務的企業免稅。從某種意義上說，增值稅免稅政策就像是一種慢性可卡因，會讓企業在熱水煮兔子的過程中逐漸失去結構性競爭力，這一點在中國這樣的發達國家尤其需要避免。