(一)認定違約
首先，認定是否違約的基本依據是商標注冊許可合同條款。合同條款是當事人雙方意思表示一致的產物，如果雙方按合同的約定履行了各自的義務，就不存在違約，如果當事人一方或雙方沒有或沒有按許可合同約定的條款履行自己的義務，則會構成違約。就需要按合同的規定承擔違約責任。
其次，在商標注冊許可合同條款對違約責任沒有約定或約定不明的情況下，就要根據商標法和有關的法律、法規、慣例來確認。例如：根據慣例，未經商標權人的明確授權，商標使用許可合同的被許可人不能將所許可的商標進行再許可，如果被許可人沒經許可人同意，將許可人所許可使用的商標又許可給他人使用，也應認定被許可人構成對許可人的違約。
(二)違約責任
一般來說，雙方當事人在商標合同中對違約責任應該做了相應的規定，比如有關違約金的約定，損害賠償金的約定，違約方承擔什么樣的違約責任，如何承擔違約責任等等。因此，商標合同所約定的違約條款是違約方承擔責任的依據。但是在違約責任約定不明或沒有約定的情況下，應依照《合同法》對違約責任的一般規定來處理。
(三)侵權責任與違約責任競合的處理
在一定的情況下，會出現注冊商標侵權責任與違約責任的競合，典型的情況是在商標許可使用合同中，被許可人超出商標使用許可合同約定的時間、地區、商品種類使用注冊商標，從合同的角度講，被許可人的行為是違約行為;從商標專用權角度來講，被許可人未經商標權人的同意，擅自擴大商標的使用范圍，侵犯了許可人的商標專用權，從而構成商標侵權。出現以上侵權責任與違約責任的競合的情形，分兩種情況處理：
1.合同中已作了明確約定的，按約定處理。例如，許可使用合同雙方約定，被許可人只能在某時間內在產品上使用許可人的商標，超出該時間限定的，每件產品賠償許可人一定金額。據此，按合同約定被許可人承擔違約責任即可，而不應再承擔侵權責任。
2.合同未約定或約定不明的，權利人可以選擇是按違約責任還是按侵權責任來處理。例如，使用許可合同的雙方只約定被許可人可以使用商標的地區范圍，而沒有約定被許可人違反這規定所承擔的責任。在這種情況下，許可人既可以要求侵權的被許可人承擔違約責任，也可以要求被許可人承擔侵權責任。